Как перенести таблицу в удобный для публикации формат?

#r #markdown

Что делать если нужно не просто получить результат, но и презентовать его?

Я знаю про rmarkdown, но как оформить именно таблицу?
Поделитесь, кто как с этим справляется.
    

Ответы

Ответ 1

Для таблицы самый очевидный вариант - kable().

По другим вариантам из ответа выше:
xtable и pander имеют методы для печати различных объектов, например, возвращаемых
функциями lm(), t.test и многими другими. Это очень удобно и полезно, и kable() тут
не справится. LaTeX изучать не обязательно, вывод в html также работает.

xtable с R Markdown используется следующим образом:

print(xtable(fit1), type = "html")


При этом нужно не забыть указать в чанке ```{r, results='asis'}

pander еще проще: pander(fit1).

Есть еще относительно экзотический способ, полезный при создании инфографики или
при подготовке материалов для печати в солидном журнале: https://github.com/baptiste/gridextra/wiki/tableGrob

Позволяет получать таблицы в виде красивых картинок, а также комбинировать их с графиками,
например


Ответ 2

Для оформления таблиц есть много пакетов. Эти пакеты позволяют генерировать код в
форматах LaTeX, pandoc, HTML. Более менее систематизированный обзор можно посмотреть
на CRAN Task Views в разделе Reproducible Research. Ниже приведу краткий список пакетов,
которые предоставляют функции для работы с таблицами.


knitr (функция kable())
htmlTable
xtable
pander


Я работал с каждым из них и могу подтвердить их работоспособность. Также могут быть
полезны пакеты broom, xtable и pander, которые предоставляет функции для оформления
типичных объектов R, получаемых в ходе статистического анализа (например, результаты
регрессионного или дисперсионного анализа). Посмотреть поддерживаемые пакетом методы
можно следующим образом (аналогично для других пакетов):

library(pander)
methods(pander)


Пример вывода kable() в формате markdown:

knitr::kable(head(mtcars), format = "markdown")

#> |                  |  mpg| cyl| disp|  hp| drat|    wt|  qsec| vs| am| gear| carb|
#> |:-----------------|----:|---:|----:|---:|----:|-----:|-----:|--:|--:|----:|----:|
#> |Mazda RX4         | 21.0|   6|  160| 110| 3.90| 2.620| 16.46|  0|  1|    4|    4|
#> |Mazda RX4 Wag     | 21.0|   6|  160| 110| 3.90| 2.875| 17.02|  0|  1|    4|    4|
#> |Datsun 710        | 22.8|   4|  108|  93| 3.85| 2.320| 18.61|  1|  1|    4|    1|
#> |Hornet 4 Drive    | 21.4|   6|  258| 110| 3.08| 3.215| 19.44|  1|  0|    3|    1|
#> |Hornet Sportabout | 18.7|   8|  360| 175| 3.15| 3.440| 17.02|  0|  0|    3|    2|
#> |Valiant           | 18.1|   6|  225| 105| 2.76| 3.460| 20.22|  1|  0|    3|    1|

Как добавить комментарий в документ с разметкой Markdown?

#разметка #комментарии #markdown

Нужно добавить в документ на Markdown комментарии, которые бы не экспортировались
в итоговый документ. 

Есть стандартный html-комментарий:

 


Проблема в том, что при экспорте такой комментарий попадает в итоговый документ в
неизменном виде. Можно ли сделать такие комментарии, которые будут вырезаться при экспорте
в HTML?
    

Ответы

Ответ 1

Это реализуемо с помощью ярлыка ссылки (link label), с которым не связывается ни
одна ссылка. 
Эти ярлыки ссылок будут вырезаны при экспорте:



(пустая строка)
[comment]: # (comment text)

(пустая строка)
[//]: # (comment text)


Сравните с обычным синтаксисом ссылки:

[link text][label]

[label]: http://ru.stackoverflow.com/questions/ask


В принципе, спецификация Markdown допускает вариант, когда перед комментарием нет
пустой строки, а вместо # используется <>. Проблема в том, что спецификация дырява
как решето, а имеющиеся 28+ реализаций работают по–разному. Добро пожаловать в Markdown!

Проверить работу различных реализаций нам поможет инструментарий Babelmark2, проверяющий
рендеринг разметки Markdown в различных реализациях. (+ — прошли тест, - — не прошли,
? — оставляют неотображаемый мусор в HTML).


Без пустых строк, с <> 13+, 15-
Пустая строка перед, с <> 20+, 8-
Пустая строка перед и после, c <> 20+, 8-
Без пустых строк, с # 13+ 1? 14-
Пустая строка перед, с # 23+ 1? 4-
Пустая строка перед и после, c # 23+ 1? 4-


Согласно проверке, наиболее платформо-независимый вариант — это # и пустая строка
перед комментарием. Пустая строка после комментария не играет роли. В частности, набирающая
популярность строгая спецификация CommonMark, в разработке которой участвует Jeff Atwood,
работает именно с этим вариантом (и не работает с <> и/или без пустой строки)

C этими реализациями нет никакой возможности использовать такие комментарии:


cebe/markdown 1.1.0
cebe/markdown MarkdownExtra 1.1.0
cebe/markdown GFM 1.1.0
s9e\TextFormatter (Fatdown/PHP)


Исследование основано на решении, предложенном участником Magnus на SO.EN.

Как перенести таблицу в удобный для публикации формат?

Что делать если нужно не просто получить результат, но и презентовать его?
Я знаю про rmarkdown, но как оформить именно таблицу? Поделитесь, кто как с этим справляется.

Ответ

Для таблицы самый очевидный вариант - kable()
По другим вариантам из ответа выше: xtable и pander имеют методы для печати различных объектов, например, возвращаемых функциями lm(), t.test и многими другими. Это очень удобно и полезно, и kable() тут не справится. LaTeX изучать не обязательно, вывод в html также работает.
xtable с R Markdown используется следующим образом:
print(xtable(fit1), type = "html")
При этом нужно не забыть указать в чанке ```{r, results='asis'}
pander еще проще: pander(fit1)
Есть еще относительно экзотический способ, полезный при создании инфографики или при подготовке материалов для печати в солидном журнале: https://github.com/baptiste/gridextra/wiki/tableGrob
Позволяет получать таблицы в виде красивых картинок, а также комбинировать их с графиками, например

Как добавить комментарий в документ с разметкой Markdown?

Нужно добавить в документ на Markdown комментарии, которые бы не экспортировались в итоговый документ.
Есть стандартный html-комментарий:

Проблема в том, что при экспорте такой комментарий попадает в итоговый документ в неизменном виде. Можно ли сделать такие комментарии, которые будут вырезаться при экспорте в HTML?

Ответ

Это реализуемо с помощью ярлыка ссылки (link label), с которым не связывается ни одна ссылка. Эти ярлыки ссылок будут вырезаны при экспорте:

(пустая строка) [comment]: # (comment text)
(пустая строка) [//]: # (comment text)
Сравните с обычным синтаксисом ссылки:
[link text][label]
[label]: http://ru.stackoverflow.com/questions/ask
В принципе, спецификация Markdown допускает вариант, когда перед комментарием нет пустой строки, а вместо # используется <>. Проблема в том, что спецификация дырява как решето, а имеющиеся 28+ реализаций работают по–разному. Добро пожаловать в Markdown!
Проверить работу различных реализаций нам поможет инструментарий Babelmark2, проверяющий рендеринг разметки Markdown в различных реализациях. (+ — прошли тест, - — не прошли, ? — оставляют неотображаемый мусор в HTML).
Без пустых строк, с <> 13+, 15- Пустая строка перед, с <> 20+, 8- Пустая строка перед и после, c <> 20+, 8- Без пустых строк, с # 13+ 1? 14- Пустая строка перед, с # 23+ 1? 4- Пустая строка перед и после, c # 23+ 1? 4-
Согласно проверке, наиболее платформо-независимый вариант — это # и пустая строка перед комментарием. Пустая строка после комментария не играет роли. В частности, набирающая популярность строгая спецификация CommonMark, в разработке которой участвует Jeff Atwood, работает именно с этим вариантом (и не работает с <> и/или без пустой строки)
C этими реализациями нет никакой возможности использовать такие комментарии:
cebe/markdown 1.1.0 cebe/markdown MarkdownExtra 1.1.0 cebe/markdown GFM 1.1.0 s9e\TextFormatter (Fatdown/PHP)
Исследование основано на решении, предложенном участником Magnus на SO.EN.