Как перенести таблицу в удобный для публикации формат?

#r #markdown

Что делать если нужно не просто получить результат, но и презентовать его?

Я знаю про rmarkdown, но как оформить именно таблицу?
Поделитесь, кто как с этим справляется.
    

Ответы

Ответ 1

Для таблицы самый очевидный вариант - kable().

По другим вариантам из ответа выше:
xtable и pander имеют методы для печати различных объектов, например, возвращаемых
функциями lm(), t.test и многими другими. Это очень удобно и полезно, и kable() тут
не справится. LaTeX изучать не обязательно, вывод в html также работает.

xtable с R Markdown используется следующим образом:

print(xtable(fit1), type = "html")


При этом нужно не забыть указать в чанке ```{r, results='asis'}

pander еще проще: pander(fit1).

Есть еще относительно экзотический способ, полезный при создании инфографики или
при подготовке материалов для печати в солидном журнале: https://github.com/baptiste/gridextra/wiki/tableGrob

Позволяет получать таблицы в виде красивых картинок, а также комбинировать их с графиками,
например


Ответ 2

Для оформления таблиц есть много пакетов. Эти пакеты позволяют генерировать код в
форматах LaTeX, pandoc, HTML. Более менее систематизированный обзор можно посмотреть
на CRAN Task Views в разделе Reproducible Research. Ниже приведу краткий список пакетов,
которые предоставляют функции для работы с таблицами.


knitr (функция kable())
htmlTable
xtable
pander


Я работал с каждым из них и могу подтвердить их работоспособность. Также могут быть
полезны пакеты broom, xtable и pander, которые предоставляет функции для оформления
типичных объектов R, получаемых в ходе статистического анализа (например, результаты
регрессионного или дисперсионного анализа). Посмотреть поддерживаемые пакетом методы
можно следующим образом (аналогично для других пакетов):

library(pander)
methods(pander)


Пример вывода kable() в формате markdown:

knitr::kable(head(mtcars), format = "markdown")

#> |                  |  mpg| cyl| disp|  hp| drat|    wt|  qsec| vs| am| gear| carb|
#> |:-----------------|----:|---:|----:|---:|----:|-----:|-----:|--:|--:|----:|----:|
#> |Mazda RX4         | 21.0|   6|  160| 110| 3.90| 2.620| 16.46|  0|  1|    4|    4|
#> |Mazda RX4 Wag     | 21.0|   6|  160| 110| 3.90| 2.875| 17.02|  0|  1|    4|    4|
#> |Datsun 710        | 22.8|   4|  108|  93| 3.85| 2.320| 18.61|  1|  1|    4|    1|
#> |Hornet 4 Drive    | 21.4|   6|  258| 110| 3.08| 3.215| 19.44|  1|  0|    3|    1|
#> |Hornet Sportabout | 18.7|   8|  360| 175| 3.15| 3.440| 17.02|  0|  0|    3|    2|
#> |Valiant           | 18.1|   6|  225| 105| 2.76| 3.460| 20.22|  1|  0|    3|    1|